Makary pochodził z biednej, pobożnej rodziny z Górnego Egiptu. Urodził się ok. 300 roku. W młodości był pasterzem. Już wtedy pragnął zostać mnichem, ale rodzice zmusili go do zawarcia małżeństwa z kobietą, która zmarła kilka dni po ślubie. Niedługo potem rozstali się z tym światem jego rodzice. Makary miał wtedy około 30 lat. Poszedł za radą pustelnika, zamieszkał w pustelni Skete (na pograniczu Libii). Jego surowość życia i dar czynienia cudów szybko stały się znane. Wokół niego gromadziło się wielu uczniów, których przyzwyczajał do mniszego trybu życia i osadzał ich w pustelniach. Miał dar prorokowania i zdolność czynienia cudów. Ludzie z bardzo daleka przybywali do niego po radę. Ok. 340 roku został niemal siłą, przez jednego z biskupów, zmuszony do przyjęcia kapłaństwa. Chodziło o to, żeby pozostałym mnichom zapewnić stały udział we Mszy św. i możliwość przyjmowania Komunii św.
Walczył z herezją szerzoną przez arian, za co został zesłany na jedną z egipskich wysp. Szybko jednak został uwolniony, bo nawrócił wszystkich mieszkańców tej wyspy na chrześcijaństwo i za jego przyczyną miały tam miejsce liczne cuda.
Dzięki Bożemu objawieniu o swoim odejściu do domu Pana wiedział już dziewięć dni wcześniej. Zmarł ok. 390 roku (nie do ustalenia jest dzień jego śmierci) w swojej pustelni w Skete. Relikwie przeniesiono do Amalfi we Włoszech, gdzie znajdują się obecnie.
Z powodu mądrości i świętości życia Makarego nazwano Wielkim. Poza kilkoma modlitwami pozostawił po sobie prawdopodobnie 7 pouczeń, dwa listy i 50 homilii. Pisali o nim Palladiusz w Historia Lausiaca oraz Rufin w Historia monachorum. Nic jednak nie wspominali o jego literackiej twórczości, którą przypisywała mu późniejsza tradycja, opatrując jego imieniem takie pisma, jak 50 Homilii duchownych, kilka listów, m.in. List do synów Bożych. Obecnie autorstwo tych pism jest badane przez naukowców i nie zostało jeszcze definitywnie przesądzone.
Uważany jest za szczególnego orędownika wyganiającego złe moce.





W ikonografii święty Makary przedstawiany jest jako stary człowiek z siwą brodą i niewielką łysiną czołową, odziany w mniszy habit. Prawą dłoń unosi w geście błogosławieństwa, w lewej zazwyczaj trzyma zwinięty zwój. Czasem z brodą do pasa i siwymi, spadającymi na plecy i ramiona, podwijającymi się włosami. Są też wizerunki, na których odziany jest w skóry. Na nich też ma długie włosy i brodę do kolan, a ręce złożone w modlitewnym geście.