Alojzy przyszedł na świat w dniu 8 maja 1898 roku w wiosce Brezarić. Był piątym z ośmiorga dzieci. W domu panowała głęboko religijna atmosfera. Po ukończeniu szkoły podstawowej we wrześniu 1909 roku, kontynuował naukę w gimnazjum sierocińca arcybiskupiego w Zagrzebiu. Sześć lat później, w 1915 roku, wstąpił do seminarium duchownego.
W dniu 28 czerwca 1916 roku zdał maturę i jeszcze w tym samym roku wstąpił do armii austriackiej. Został wysłany na front. Trwała I wojna światowa (1914-1918). W lipcu 1918 roku dostał się do niewoli we Włoszech, gdzie przebywał do grudnia. Potem jako ochotnik wstąpił do Legionu Jugosłowiańskiego, który wysłano do Salonik. Po demobilizacji, wiosną 1919 roku, powrócił do ojczyzny i rozpoczął studia na wydziale agronomii uniwersytetu w Zagrzebiu. Po pierwszym semestrze powrócił do rodzinnego miasta. Przez sześć lat pracował w gospodarstwie ojca i działał w młodzieżowej sekcji Akcji Katolickiej. Początkowo, idąc za radami ojca, myślał o małżeństwie, ale wkrótce zdecydował się na stan duchowny. W październiku 1924 roku wstąpił ponownie do seminarium. Wysłany do Rzymu, ukończył tam studia na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim.
W dniu 26 października 1930 roku przyjął święcenia kapłańskie. Po powrocie do ojczyzny w 1931 roku był ceremoniarzem i notariuszem kurii archidiecezjalnej w Zagrzebiu. Z jego inicjatywy powstała Caritas archidiecezji i rozpoczęto wydawanie czasopisma "Caritas". W dniu 28 maja 1934 roku został mianowany przez Piusa XI arcybiskupem koadiutorem archidiecezji i w dniu 24 czerwca otrzymał sakrę biskupią. Był wówczas najmłodszym biskupem na świecie. Miał zaledwie 36 lat.
Gdy w dniu 7 grudnia 1937 roku zmarł arcybiskup Antun Bauer, Stepinac przejął rządy w archidiecezji, a wkrótce potem objął stanowisko przewodniczącego Konferencji Episkopatu. Zajął się formacją kapłanów i kleryków. Kontynuował współpracę z Akcją Katolicką i rozwijał apostolstwo prasy. Roztaczał opiekę duszpasterską nad żołnierzami, robotnikami, mieszkańcami wsi i studiującą młodzieżą. Organizował katolickie tygodnie społeczne oraz kongresy eucharystyczne.
Alojzy Stepinac był człowiekiem niezwykłej odwagi, niezłomnej konsekwencji i niezachwianej wiary. Odrzucał nazizm i komunizm, z nieufnością odnosił się do zachodnich demokracji, był przeciwnikiem masonerii. W swoim dzienniku pod datą 5 listopada 1940 zapisał: "Jeśli zwyciężą Niemcy, zapanuje okrutny terror i dokona się zagłada małych narodów. Jeśli zwycięży Anglia, przy władzy pozostaną masoni, Żydzi, a zatem królować będą w naszych krajach nieobyczajność i korupcja. Jeśli zwycięży ZSRR, wówczas diabeł zdobędzie władzę nad światem i piekło".
W kwietniu 1941 roku, w czasie trwania II wojny światowej, powstało Niezależne Państwo Chorwackie. Arcybiskup Stepinac potępiał wszelkie przejawy totalitaryzmu i sprzeciwiał się prześladowaniom na tle rasistowskim, ideologicznym i politycznym. Występował w obronie ofiar wojny i wszystkich osób znajdujących się w niebezpieczeństwie, czy to Żydów, Serbów, Cyganów, Polaków, Chorwatów, czy nawet komunistów. Szczególną opieką otaczał głodujące dzieci, zaopatrywał je w ubrania i żywność oraz szukał dla nich schronienia. Pomagał księżom wypędzonym ze Słowenii. W przemówieniach publicznych apelował o poszanowanie każdej osoby, bez względu na jej wiek, płeć, wyznanie czy narodowość. Jego kazania z tamtego okresu są świadectwem głębokiej wiary i gorliwości apostolskiej.
Skutecznie zabiegał o ułaskawienie wielu Chorwatów skazanych na karę śmierci z powodów politycznych. Ukrył w majątkach kościelnych 60 pensjonariuszy żydowskiego domu starców, którzy dzięki temu przeżyli wojnę. Z jego polecenia Caritas zapewniła schronienie około tysiącu serbskim dzieciom, osieroconym w wyniku ustaszowskich czystek.

Pod koniec wojny władzę w państwie przejęli komuniści. W dniu 17 maja 1945 roku abp Stepinac został uwięziony, ale odzyskał wolność po dwóch tygodniach dzięki wstawiennictwu papieża Piusa XII. Nieugięty jak zawsze, po uwolnieniu nie zmienił postępowania. Zorganizował wielką pielgrzymkę do narodowego sanktuarium Chorwatów, Marijnej Bistricy, a w liście do księży polecał ich uwadze zwłaszcza młodzież, ostrzegając przed wyrzuceniem religii ze szkół i przymusową ateizacją. W piśmie do Bakarica, komunistycznego przewodniczącego rządu, stanowczo zaprotestował przeciwko represjom skierowanym wobec Kościoła i wiernych. Arcybiskup odrzucił również wszelkie sugestie dotyczące rozluźnienia więzi z Watykanem.
Był inicjatorem listu biskupów katolickich Jugosławii z dnia 22 września 1945 roku, w którym zdecydowanie skrytykowano wszystkie posunięcia władz wobec Kościoła. Znalazła się w nim również polemika z zarzutami formułowanymi przez komunistów, a także osąd nowego systemu, który uosabiał "bezbożnego ducha materializmu, skąd ludzkość nie może się spodziewać niczego dobrego". List pasterski wyliczał wszystkie zbrodnie popełnione przez władze komunistyczne. Wymieniono w nim również wszelkie bezprawne zarządzenia wymierzone w rodzinę, szkolnictwo, pracę charytatywną Kościoła, prasę chrześcijańską i zakony. Biskupi wyraźnie stwierdzali, że podobnego prześladowania Kościoła nie było od 400 lat, czyli od czasów tureckich.
Po wygranych przez Komunistyczną Partię Jugosławii "wyborach" w listopadzie 1945 roku, władze nie musiały już się niczym krępować. Represje objęły również spokojniejszą dotychczas Słowenię. Uderzono w Kościół pod pretekstem rzekomej kolaboracji z hitlerowcami i popierania faszyzującej partyzantki Białej Gwardii. Te same elementy propagandy znalazły się w artykułach publikowanych przeciwko Stepinacowi. Na centralnym placu Zagrzebia bojówkarze obrzucili arcybiskupa Stepinaca kamieniami i zgniłymi jajami. Publiczne bicie księży i wiernych było wtedy na porządku dziennym. Wkrótce aresztowano trzech księży z bezpośredniego otoczenia biskupa, a w czasie przeprowadzonej w pałacu biskupim rewizji "znaleziono" tomy mów Poglavnika Pavelicia, flagi niezależnego państwa chorwackiego i leki, przeznaczone jakoby dla antykomunistycznej partyzantki.
Stało się jasne, że dni arcybiskupa na wolności są policzone. Ci, których kiedyś bronił, teraz zamienili się w bezlitosnych prześladowców. Ich odpowiedzią były liczne inicjatywy skierowane przeciw Kościołowi. Próbowano też, podobnie jak to czyniono we wszystkich krajach rządzonych przez komunistów, nakłonić arcybiskupa Stepinaca do utworzenia katolickiego Kościoła narodowego, niezależnego od Stolicy Apostolskiej. W dniu 18 września 1946 roku doszło do ponownego aresztowania. Wytoczono mu pokazowy proces polityczny i skazano go na 16 lat przymusowych robót oraz 5 lat pozbawienia wszelkich praw. Oskarżono go o kolaborację z okupantem niemieckim i rządem Niepodległego Państwa Chorwackiego, przymusowe nawracanie obywateli Jugosławii na wiarę katolicką, współpracę z dysydentami oraz obrazę rządu ludowego. W czasie procesu (w dniu 11 października 1946 r.) Stepinac powiedział w przemówieniu przed sądem: "Oskarżony arcybiskup zagrzebski potrafi za swoje przekonania nie tylko cierpieć, ale i umrzeć".
Z wielu punktów aktu oskarżenia warto wymienić ten najbardziej absurdalny - akceptację eksterminacji Serbów w drugiej połowie 1941 roku. O jego zachowaniu przed sądem tak pisano: "Nikogo nie obciążał, nie usiłował bronić za wszelką cenę, w niektórych wypadkach odmawiał odpowiedzi. Osobistą skromność potrafił łączyć z wyraźnym poczuciem godności hierarchy. Punktem kulminacyjnym procesu stało się końcowe przemówienie arcybiskupa. Zawierało ono stwierdzenie własnej niewinności i ostrą krytykę polityki władz komunistycznych, sytuacji w kraju i losu, jaki został zgotowany społeczeństwu".
Arcybiskup Alojzy Stepinac został skazany na 16 lat ciężkich robót. Osadzony w dniu 19 października w więzieniu w Lepoglayie, oświadczył: "Odebraliście mi wszystko, ale mogę jeszcze jak Mojżesz wznosić ręce ku niebu".
Zabroniono mu wykonywania wszelkich czynności związanych z posługą kapłańską i biskupią. W okresie, gdy przebywał w areszcie domowym, w dniu 12 stycznia 1953 roku, papież Pius XII mianował go kardynałem. Tito trzykrotnie proponował arcybiskupowi napisanie prośby o ułaskawienie, dzięki czemu mógłby wyjechać z kraju. Więzień jednak kategorycznie odmawiał. W 1953 roku usiłowano go otruć. Wtedy ciężko zachorował. W końcu surowe warunki, w jakich był przetrzymywany, złagodzono. Znalazł sie w areszcie domowym, ale już do końca życia nie wyszedł na wolność.
Zmarł 10 lutego 1960 roku. Przed śmiercią wybaczył swoim oprawcom. Jego ostatnie słowa brzmiały: Fiat voluntas tua! (Bądź wola Twoja). Został pochowany 13 lutego 1960 roku w katedrze w Zagrzebiu, w obecności całego Episkopatu Jugosławii, kapłanów i wiernych.
Dochodzenie kanoniczne w sprawie świętości życia kard. Stepinaca rozpoczęło się w 1969 roku. Św. Jan Paweł II zatwierdził dekret o jego męczeństwie w dniu 17 lutego 1994 roku. Wcześniej, w dniu 14 lutego 1992 roku, parlament chorwacki unieważnił proces polityczny wytoczony kard. Alojzemu Stepinacowi i wyrok skazujący.
"W jego postaci można dostrzec syntezę całej tragedii, jaka dotknęła Europę w naszym stuleciu, naznaczonym przez wielkie plagi faszyzmu, nazizmu i komunizmu. Jest on świetlanym przykładem katolickiej odpowiedzi na te plagi: wiary w Boga, poszanowania człowieka, miłości do wszystkich potwierdzonej przebaczeniem, jedności z Kościołem kierowanym przez następcę Piotra" - mówił papież podczas beatyfikacji, która dokonała się w dniu 3 października 1998 roku w sanktuarium matki Bożej w Marija Bistrica, w Chorwacji.