Rupert był pierwszym biskupem Salzburga. Należał do możnej rodziny franko-niemieckiej Robertynów, spokrewnionej z Karolingami. O pierwszych latach jego życia wiemy niewiele. Kształcił się w Niemczech, w klasztorze irlandzkim. Od roku 700 jako biskup misyjny przechodził obszary Bawarii, po Regensburg (Ratysbonę) i Lorch. Cieszył się sympatią księcia Bawarii, który udzielał mu pomocy koniecznej do jego pracy apostolskiej. Na ruinach rzymskiego miasta Juvanum (Salzburg) założył opactwo benedyktyńskie i wystawił pierwszy w Austrii kościół pod wezwaniem św. Piotra. Jako opat i biskup rządził nowo powstałą diecezją salzburską. Dla swojej krewnej, Erentrudy, Rupert wystawił benedyktyńskie opactwo żeńskie w Nonenberg, gdzie wkrótce Erentruda została opatką. Te dwa opactwa stały się prawdziwym błogosławieństwem dla Austrii.
Rupert głosił niezmordowanie słowo Boże, gromadził koło siebie kapłanów i obsadzał nimi ważniejsze miejsca dla głoszenia Ewangelii i dla potrzeb duszpasterstwa. Słusznie też zasłużył sobie na tytuł apostoła Bawarii i Austrii.
Data jego śmierci nie jest pewna. Przyjmuje się 27 marca ok. 720 roku. Został pochowany w założonym przez siebie opactwie w Salzburgu, w kościele św. Piotra. Św. Wigiliusz, jeden z uczniów Ruperta, przeniósł ciało Świętego do katedry (774). Równało się to z pozwoleniem na oddawanie czci publicznej. Zanim bowiem papieże nie zarezerwowali dla siebie prawa kanonizacji, czynił to miejscowy metropolita z biskupami, duchowieństwem i ludem. Św. Wigiliusz został także biskupem Salzburga, podniesionego niebawem do godności metropolii. O popularności Ruperta w Europie środkowej świadczy to, że ku jego czci wystawiono aż 125 kościołów.