Jan urodził się w 1348 r. w Pomuku (późniejsza nazwa Nepomuk) koło czeskiej Pragi. Pierwsza pewna i ścisła wiadomość o jego życiu pochodzi z roku 1370. Wówczas, będąc jeszcze klerykiem, Jan figurował w dokumentach kurii biskupiej w Pradze w charakterze notariusza. W roku 1380 został wyświęcony na kapłana i otrzymał probostwo przy kościele św. Galla (Gawła) w Pradze. Równocześnie pełnił obowiązki notariusza przy arcybiskupie Janie Jenzensteinie. W roku 1381 studiował prawo na uniwersytecie w Pradze. W latach 1382-1387 studiował także w Padwie. W roku 1387 jako doktor prawa powrócił do Pragi. Został mianowany kanonikiem przy kolegiacie św. Idziego, a w dwa lata potem również kanonikiem przy kościele świętych Piotra i Pawła w Wyszehradzie. W roku 1390 został archidiakonem i proboszczem w Zatoc (Saaz). Stąd jednak rychło arcybiskup Pragi powołał Jana na swojego wikariusza generalnego. Był to wielki zaszczyt, bowiem urząd ten dawał Janowi pierwsze miejsce po metropolicie w diecezji.
Podczas trwającego sporu między Wacławem IV Luksemburczykiem a arcybiskupem Pragi Jan, będąc mediatorem, został uwięziony przez porywczego króla (razem z dwoma prałatami) 20 marca 1393 r. i poddany torturom. Według relacji brał w nich udział sam król. Potem na pół żywego Jana zrzucono w nocy z mostu Karola IV do rzeki Wełtawy, która przepływa przez Pragę. Ludowa legenda dodała do żywotu, że kapłanowi przywiązano kamień młyński do szyi i że kamień ten urwał się; że niezwykła jasność obudziła mieszkańców Pragi; że król, widząc poruszenie ludu, odbył pokutę i tym podobne opowieści. Według "Kroniki" Tomasza Ebendorfera z Haselbach z 1450 r. Jan zginął, ponieważ odmówił ujawnienia tajemnicy spowiedzi małżonki królewskiej - królowej Zofii. Uważany jest za pierwszego męczennika tajemnicy spowiedzi. Ciało Męczennika znaleziono dopiero po pewnym czasie (17 kwietnia) i pochowano w kościele Świętego Krzyża, położonym blisko rzeki. Z czasem przeniesiono je do grobowca pod katedrą z napisem: Johannes de Pomuk.
Po śmierci Wacława IV (+ 1419) kult Męczennika zaczął się szerzyć spontanicznie. Szybko pojawiły się jego pierwsze życiorysy, a nawet była mu oddawana liturgiczna cześć. W wieku XVII jest już nazywany "błogosławionym" i wymieniany wśród patronów Pragi i Czech. Oficjalny proces rozpoczęto jednak dopiero w roku 1710 z polecenia cesarza Józefa I. Innocenty XIII w 1720 roku potwierdził tytuł błogosławionego. Ten sam papież zatwierdził tekst Mszy świętej i Liturgii Godzin ku czci Błogosławionego na Czechy, Austrię, Niemcy, Polskę i Litwę. Dnia 19 marca 1729 roku papież Benedykt XII ogłosił go formalnie świętym. Podobnie jak język św. Antoniego w Padwie, tak też język św. Jana Nepomucena jest zachowany cało w artystycznym, osobnym relikwiarzu katedry praskiej.
Święty Jan jest patronem zakonu jezuitów, Pragi, spowiedników, szczerej spowiedzi, dobrej sławy i tonących oraz orędownikiem podczas powodzi. Jest także patronem mostów. Śladami niegdyś bardzo żywego kultu św. Jana Nepomucena są liczne figury stawiane zazwyczaj na rozstajach dróg i w okolicy przepraw rzecznych. Wiele takich figur można spotkać w całej Polsce. Jest także popularnym patronem kościołów i parafii.

W ikonografii Święty przedstawiany jest w stroju kapłańskim, w sutannie, rokiecie, birecie. W ręku palma męczeńska. Niekiedy trzyma palec na ustach (symbol zachowanej tajemnicy). Jego atrybutami są: klucz, książka, kłódka, krzyż w ręce, zapieczętowany list, most, z którego został zrzucony, pieczęć, wieniec z pięciu gwiazd, wieniec z gwiazd - w środku napis TACUI - "milczałem"; woda, zamek.