Franciszek urodził się 13 października 1563 r. w Villa Santa Maria (królestwo Neapolu). Pochodził ze znakomitej rodziny. Na chrzcie otrzymał imię Askaniusz. Kiedy miał 22 lata, zachorował śmiertelnie. Złożył wtedy ślub oddania się Panu Bogu na służbę i wyzdrowiał.
Studiował teologię na uniwersytecie w Neapolu, przeplatając studia modlitwą, uczynkami pokutnymi i charytatywnymi. W 1587 r. przyjął święcenia kapłańskie. Zaraz też włączył się do bractwa kapłanów neapolitańskich, których celem było towarzyszyć skazanym na śmierć, opiekować się więźniami i galernikami. Kaplica stowarzyszenia była w pobliżu szpitala dla nieuleczalnie chorych. Dzieląc pomiędzy te instytucje swoje zajęcia, młody kapłan z wolna pozyskał dla swojej apostolskiej pracy podobnie gorliwych kapłanów. Na początku zgłosiło swój akces dwóch. Wszyscy trzej przyjaciele udali się do pustelni w Camaldoli, by na modlitwie prosić o światło Ducha Świętego i opracować regułę. Postanowiono do ślubów ubóstwa, czystości i posłuszeństwa dołączyć ślub czwarty - nie przyjmowania żadnych godności kościelnych. Papież Sykstus V zatwierdził regułę - a więc i nowy zakon - w roku 1588. W ten sposób Askaniusz razem z genueńczykiem Janem Adorno założył nowy zakon Kanoników Regularnych Mniejszych, opiekujący się biednymi, chorymi i więźniami. Mając 26 lat, 9 kwietnia 1589 r., złożył śluby i w miejsce dotychczasowego: Askaniusz, przyjął nowe imię zakonne - Franciszek. W 1591 r. został generałem zakonu. W roku 1591 otrzymał zaproszenie do objęcia opieki nad kościołem Matki Bożej Większej w Neapolu. W roku 1594 powstał pierwszy dom zakonu w Hiszpanii, w roku 1598 w Rzymie, przy kościele Św. Agnieszki na Placu Navona. W roku 1601 Franciszek założył dom zakonny w Valladolid i trzeci z kolei w Hiszpanii, w Alcala. W roku 1606 powstał w Rzymie drugi dom nowego zakonu.
Na własną prośbę Franciszek został zwolniony z obowiązków przełożonego generalnego. Piastował urzędy niższe: mistrza nowicjatu i przełożonego domu w Neapolu, potem wikariusza generalnego zakonu. Odznaczał się gorliwością, umartwieniem oraz nabożeństwem do Najświętszego Sakramentu. Popierał ze wszystkich sił - a także sam wprowadzał, gdzie tylko mógł - uroczyste wystawienia Najświętszego Sakramentu, adoracje i procesje.
Zmarł 4 czerwca 1608 r. w Anconie, pielgrzymując do sanktuarium Matki Bożej w Loreto. Pochowano go w kościele Matki Bożej Większej w Neapolu. W czasie pogrzebu wydarzył się wypadek nagłego uzdrowienia pewnego człowieka ze śmiertelnej choroby. Po przepisanym przez prawo kościelne procesie kanonicznym do chwały błogosławionych wyniósł Franciszka papież Klemens XIV w roku 1770. Do katalogu świętych wpisał go uroczyście papież Pius VII w roku 1807. W roku 1840 św. Franciszek Caracciolo został ogłoszony drugim - obok św. Januarego - patronem Neapolu. W roku 1844 ciało Świętego przeniesiono do kościoła Santa Maria di Monteverginella w Neapolu.