Benon pochodził z arystokratycznej rodziny saskiej. Urodził się około roku 1010. Pobierał nauki u benedyktynów w Hildesheim, a potem w szkole katedralnej. Zaraz po ukończeniu studiów wstąpił do benedyktynów. Wyświęcony na kapłana (1040), zdobył sobie wielki szacunek u mnichów; niebawem wybrali go na swojego opata. Życie ascetyczne, a przy tym jego wielka roztropność w rządzeniu, zwróciły uwagę cesarza Henryka IV, za którego poparciem Benon został biskupem Miśni (Saksonia w południowo-wschodnich Niemczech).
Czas posługi pasterskiej Benona to trudny okres. Wybuchła wówczas otwarta wojna między cesarzem a papieżem św. Grzegorzem VII. Benon opowiedział się po stronie papieża i jego reform. Cesarz najechał na jego diecezję i ograbił jej dobra biskupie. Benon musiał uciekać. Dopiero kiedy papież obłożył cesarza klątwą i cesarz był zmuszony udać się do Canossy, Benon mógł powrócić na swoją stolicę. Kiedy jednak Henryk IV ponownie wypowiedział papieżowi wojnę i zmusił go do opuszczenia Rzymu, zemścił się także i na Benonie, deponując go na sejmie w Moguncji.
W roku 1085 papież Grzegorz VII zmarł. Benon przekonany, że antypapież Klemens III jest jego prawowitym następcą, udał się do Włoch, by mu złożyć homagium. Kiedy jednak dowiedział się, że prawowitym namiestnikiem Chrystusa jest bł. Urban II, opowiedział się za nim. W swojej diecezji przywrócił karność kościelną i uzdrowił administrację. Mimo podeszłego wieku do ostatniej chwili posługiwał w swojej diecezji słowem i listami pasterskimi. Zmarł prawdopodobnie 16 czerwca ok. 1106 roku, mając ponad 90 lat.
Kult św. Benona trwał nieprzerwanie. Jego żywoty przypominają nawet cuda zdziałane za jego wstawiennictwem tak za życia, jak też i po jego śmierci. Kanonizował go jednak dopiero papież Hadrian VI w 1523 roku. Wtedy także relikwie Benona umieszczono w godnym miejscu. Właśnie z okazji tej kanonizacji Marcin Luter wystąpił z gwałtownymi protestami przeciwko czci świętych.
W czasach reformacji biskup Miśni Jan VIII przeniósł relikwie św. Benona, by je ustrzec przed profanacją, do swojego zamku w Stolp. Stamtąd z kolei przewieziono święte szczątki do Würzen, a potem do Monachium, gdzie złożono je ostatecznie w tamtejszej katedrze (1580). Św. Benon jest patronem Miśni, Monachium i Bawarii. Czczony jest jako orędownik chorych, rybaków i zwierząt domowych.

Ikonografia przedstawia św. Benona w szatach biskupich z rybą i kluczem. Według bowiem legendy, kiedy Benon udał się do Włoch jako wygnaniec, cesarz Henryk IV kazał klucz od katedry wrzucić do Łaby. Kiedy Święty wrócił na swoją stolicę, podano mu rybę, a w niej biskup znalazł klucz od katedry.
Św. Benon jest mało znany w Polsce. Ma jednak swój kościół w Warszawie, a przy nim bractwo pod wezwaniem św. Benona, założone w 1623 roku. W 1629 roku biskup poznański, Maciej Łubieński, do którego diecezji należała Warszawa aż do roku 1794, ufundował przy tym kościele klasztor dla zakonników, zwanych benonitami, którzy mieli roztaczać opiekę nad sierotami, starcami i opuszczonymi w stolicy. W 1787 roku fundację tę przekazano św. Klemensowi Hofbauerowi, którą prowadził do roku 1808. Dzisiaj gospodarzami tego kościoła są redemptoryści.