Piotr urodził się 17 lipca 1888 roku w miejskowości Ruské Peklany, niedaleko Preszowa (obecnie wschodnia Słowacja). Był synem Stefana i Anny Gerberyovej. Po ukończeniu szkoły podstawowej i gimnazjum w Preszowie, w 1907 roku postanowił iść w ślady ojca, który był kapłanem obrządku grekokatolickiego. Rozpoczął studia teologiczne. Ukończył je w 1911 roku i w dniu 27 sierpnia tego roku przyjął święcenia kapłańskie. W pierwszych latach posługi powierzano mu wiele różnych urzędów: był zastępcą proboszcza, prefektem internatu, katechetą, pełnił także odpowiedzialne funkcje w kurii biskupiej.
20 lipca 1922 roku wstąpił do zakonu bazylianów, gdzie przyjął imię Paweł. Już cztery lata później objął urząd administratora apostolskiego eparchii preszowskiej, a w 1927 roku został mianowany biskupem. Uroczystość konsekracji odbyła się w dniu 25 marca 1927 roku w bazylice św. Klemensa w Rzymie. Jako hasło swej posługi wybrał słowa: "Bóg jest miłością, kochajmy Go!" W swej posłudze pasterskiej kładł nacisk na pogłębienie życia duchowego kapłanów i wiernych. Zakładał nowe parafie, zainicjował budowę sierocińca, troszczył się o rozwój szkół. Z jego fundacji w 1936 roku w Preszowie otwarto gimnazjum grekokatolickie. Przez wiernych nazywany był "człowiekiem o złotym sercu".
Od 13 kwietnia 1939 roku biskup Paweł Piotr Gojdič był również administratorem apostolskim Mukaczewa. Skomplikowana sytuacja polityczna na Słowacji i niechęć władz spowodowały, że złożył rezygnację z zajmowanego urzędu. Papież jednak rezygnacji nie przyjął i mianował go ordynariuszem preszowskim. Gdy w 1948 roku do władzy doszli komuniści, zaczęli nakłaniać grekokatolików do przejścia na prawosławie. Biskup zdecydowanie się temu sprzeciwił, otwarcie protestując przeciwko takim praktykom.
W kwietniu 1950 roku komunistyczne władze Czechosłowacji uznały działalność Kościoła grekokatolickiego za nielegalną. Biskup został aresztowany i w styczniu następnego roku oskarżony o zdradę, za co sąd pozbawił go praw publicznych i skazał na dożywotnie więzienie. Dwa lata później na mocy amnestii zamieniono mu karę na 25 lat pozbawienia wolności. Wielokrotnie proponowano mu, że jeśli tylko zdecyduje się na zerwanie jedności ze Stolicą Apostolską i przejście na prawosławie, będzie mógł wyjść z więzienia.
Wierny do końca Kościołowi i Chrystusowi, zmarł w więziennym szpitalu w Leopoldowie 17 lipca 1960 roku. Po latach jego ciało przeniesiono do katedry św. Jana Chrzciciela w Preszowie, gdzie od 1990 roku spoczywa w sarkofagu w jednej z kaplic. W tym samym roku władze państwowe dokonały rehabilitacji biskupa.
Do grona błogosławionych biskupa Pawła wprowadził św. Jan Paweł II w dniu 4 listopada 2001 roku, podczas Eucharystii celebrowanej na placu św. Piotra w Rzymie.