Cystersi sprowadzeni do Oliwy w 1186 roku zbudowali murowane oratorium - późniejszy kościół klasztorny. Pomimo zniszczeń związanych z napadami Prusów i Krzyżaków kościół nieustannie się powiększał, aż w trakcie odbudowy po wielkim pożarze w 1350 roku rozrósł się do dzisiejszych rozmiarów.
W 1577 roku klasztor został zniszczony przez gdańskich żołnierzy - ocalały tylko mury kościoła, dlatego też całe wyposażenie katedry pochodzi z późniejszych czasów.
Po kasacie opactwa w 1831 roku kościół klasztorny stał się kościołem parafialnym. W 1925 roku stał się katedrą - siedzibą biskupa gdańskiego. W 1976 roku katedra otrzymała tytuł bazyliki mniejszej, a w 1992 roku, po reorganizacji struktur diecezjalnych w Polsce, została podniesiona do rangi archikatedry.


Diecezja gdańska została erygowana w 1922 r. jako administratura apostolska, a w 1925 r. - jako biskupstwo podległe bezpośrednio Stolicy Apostolskiej. W 1957 r. utworzono seminarium duchowne w Gdańsku-Oliwie, a w 1978 r. ustanowiono kapitułę katedralną. 25 marca 1992 r., mocą bulli Totus Tuus Poloniae Populus św. Jan Paweł II podniósł diecezję gdańską do rangi archidiecezji i utworzył metropolię gdańską. Jej ordynariuszem jest abp Tadeusz Wojda SAC. W posłudze wspierają go biskupi pomocniczy Wiesław Szlachetka i Piotr Przyborek. Na terenie archidiecezji mieszka także jej poprzedni ordynariusz, arcybiskup senior Sławoj Leszek Głódź. Archidiecezja obejmuje obszar ok. 2500 km kw. i liczy ponad 1 mln mieszkańców. W 200 parafiach podzielonych na 24 dekanaty pracuje ok. 530 księży diecezjalnych i ok. 170 księży zakonnych.

W 1987 r., podczas swojej III pielgrzymki do Ojczyzny, Gdynię, Gdańsk i Westerplatte odwiedził św. Jan Paweł II. Podczas Mszy św. sprawowanej dla ludzi pracy 12 czerwca 1987 r. na gdańskiej Zaspie mówił między innymi:

Praca nie może być traktowana - nigdy i nigdzie - jako towar, bo człowiek nie może dla człowieka być towarem, ale musi być podmiotem. W pracę wchodzi on poprzez całe swoje człowieczeństwo i całą swą podmiotowość. Praca otwiera w życiu społecznym cały wymiar podmiotowości człowieka, a także podmiotowości społeczeństwa, złożonego z ludzi pracujących. Trzeba zatem widzieć wszystkie prawa człowieka w związku z jego pracą i wszystkim czynić zadość.
Za pracę ludzką trzeba zapłacić i równocześnie: na pracę człowieka nie sposób odpowiedzieć samą zapłatą. Przecież - jako osoba - jest on nie tylko "wykonawcą", lecz jest współtwórcą dzieła, które powstaje na warsztacie pracy. Ma zatem prawo do stanowienia również o tym warsztacie. Ma prawo do pracowniczej samorządności - czego wyrazem są między innymi związki zawodowe: "niezależne i samorządne", jak podkreślono właśnie tu, w Gdańsku.
Z kolei, praca ludzka - poprzez setki i tysiące, jeśli nie miliony, warsztatów - przyczynia się do dobra wspólnego społeczeństwa. Ludzie pracy w tej właśnie pracy znajdują tytuł, wieloraki i różnorodny, bo i praca ludzka jest wieloraka i różnorodna - a więc tytuł do stanowienia o sprawach całego społeczeństwa, które żyje i rozwija się z ich pracy.

Swoją przedostatnią wizytę w Polsce - w 1999 r. - św. Jan Paweł II rozpoczął również od Gdańska. Tego samego dnia odprawił Mszę św. w Sopocie.