Józef urodził się w Paralta de la Sal na terenie Aragonii (Hiszpania) 31 lipca 1556/1557 r. Pochodził z rodziny szlacheckiej, w której jeszcze dość żywe były tradycje rycerskie. Do stanu duchownego został przygotowany dobrze w szkołach w Estadella, w Leridzie, w Huesca i w Walencji. W 1583 roku, gdy miał 27 lat, przyjął święcenia kapłańskie. Pierwsze lata kapłaństwa spędził na posłudze duszpasterskiej w Barbastro, Urgel i Tremp oraz na pracy w administracji kościelnej. W 1592 r. towarzyszył kardynałowi Markowi Colonnie w podróży do Rzymu.

Do Hiszpanii już nigdy nie powrócił. Związał się wkrótce z bractwem młodych kapłanów, którzy za cel swojej pracy apostolskiej uznali nauczanie religii wśród ludu i dzieci. Józef spostrzegł jednak, że praca prowadzona tylko dorywczo i okazyjnie, uzależniona od dobrej woli jednostek oraz ich wolnego czasu, dawała niewiele. Dlatego postanowił sam prowadzić katechizację w zakresie mniejszym, ale zorganizowanym i stałym. W 1597 r. otworzył pierwszą prywatną bezpłatną szkołę w Europie. Założył ją na Zatybrzu, w najuboższej dzielnicy Rzymu. Dziełu swojemu dał nazwę "Szkół Pobożnych". Zamierzał osiągnąć cel podwójny: przez bezpłatną naukę pociągnąć do siebie młodzież najuboższą, a więc i najbardziej zaniedbaną; nauczanie zaś tak przepoić nauką i życiem chrześcijańskim, by młodzież, wychodząca z jego szkół, była wierząca. Zdarzało się, że dzieci trzeba było najpierw nakarmić chlebem, a nieraz dać im dach nad głową. Do tak rozległej akcji Józef potrzebował ludzi dobrej woli, wspomagających go bezpośrednią współpracą. Powstało więc nowe zgromadzenie zakonne pod nazwą "Zgromadzenie Pawłowe dla Ubogich Matki Bożej od Szkół Pobożnych" (popularnie zwane pijarami). Swoją rodzinę zakonną nazwał "Pawłową" ku czci papieża, Pawła V, któremu oddał pod opiekę swoje dzieło. Był to rok 1617. Papież Grzegorz XV w roku 1621 podniósł kongregację do stopnia zakonu o ślubach uroczystych. Jeszcze za życia Założyciela pijarzy otworzyli dom i szkołę w Ołomuńcu, w Czechach (1631) i w Warszawie (1642).

W 1621 r. Józef został generałem zgromadzenia. Jego następne lata wypełniły cierpienia fizyczne i duchowe. Znaleźli się ludzie, którzy pozazdrościli mu sławy, a równocześnie chcieli nowemu dziełu narzucić własne idee i programy. Przez nieuczciwą propagandę zdołali pozyskać sobie większość w zakonie. Ciemną postacią był tu przede wszystkim o. Mariusz, pijar, który stanął na czele opozycji przeciwko Założycielowi. Te kłótnie sprzyjały interesom kierowników szkół i szkółek prywatnych, którzy w pijarach ujrzeli groźnego rywala, mogącego pozbawić ich zarobku. Oni także podnieśli niemniej krzykliwą wrzawę przeciwko Józefowi. Doszło nawet do tego, że wraz ze swoimi asystentami został aresztowany przez inkwizycję. Po kilku dniach wszyscy zostali wprawdzie uwolnieni, ale pozbawieni urzędów. Wizytator papieski, poinformowany jednostronnie i fałszywie przez zbuntowanych, przedstawił zakon w tak czarnych barwach, że Rzym nosił się nawet z myślą jego likwidacji. Tak też niebawem uczynił Innocenty X, który dekretem z dnia 16 marca 1646 r. zredukował zakon do kongregacji bez ślubów i poddał ją pod władzę miejscowych biskupów. Nadto członkowie otrzymali zezwolenie ogólne, że w każdej chwili mogą opuścić szeregi pijarów.
Józef poddał się tym wydarzeniom z cichością i pokorą. Cierpiał bardzo nie dla własnej miłości i ambicji, ale z żalu, że tak wiele ubogiej dziatwy zostanie pozbawionej nauki Bożej i oświaty. Zmarł jako 92-letni starzec w dniu 25 sierpnia 1648 r. Pozostawił po sobie ok. 5000 listów, będących bogatym źródłem wiedzy o nim samym i o jego dziele. Jego relikwie znajdują się w kościele św. Pantaleona w Rzymie.
W 1748 roku papież Benedykt XIV wyniósł sługę Bożego do chwały błogosławionych, a papież Klemens XIII w 1767 roku wpisał go uroczyście do katalogu świętych. Rehabilitacji doczekało się też jego dzieło. Klemens IX w 1669 roku przywrócił pijarom formę kongregacji zakonnej i wszystkie przywileje sprzed roku 1646. W 1948 roku, w 300-lecie śmierci św. Józefa Kalasancjusza, papież Pius XII ogłosił go patronem wszystkich katolickich szkół podstawowych.

Józef Kalasancjusz w swojej szkole wychowawczej kładł wielki nacisk na sakrament pokuty. Wiedział dobrze, jak wielkie kryją się w nim wartości. Sakrament ten bowiem zmusza człowieka do zastanowienia się nad sobą, do żałowania swoich win i do poprawy życia. W czasach, kiedy kara fizyczna była w szkołach powszechnie stosowana, Józef zniósł ją u siebie całkowicie. Gdyby zaś była ona konieczną, doradzał, by była zawsze proporcjonalnie mniejsza od winy. Pod żadnym pretekstem nie pozwalał też przyjmować jakichkolwiek wynagrodzeń. Szkoły pijarów były bezpłatne. Opłacano jedynie w miarę możliwości konwikt. Istota systemu nauczania i wychowania pijarskiego zawierała się w haśle, jakie Założyciel zostawił swoim duchowym synom: Pobożność i nauka.
Do Polski pijarów zaprosił w 1642 r. król Władysław IV. Największą chwałą okrył zakon w Polsce ks. Stanisław Konarski (+ 1773), autor pism, które miały na celu przeprowadzenie reform w Polsce. Z jego inspiracji po kasacie jezuitów w 1773 roku powstała Komisja Edukacji Narodowej, pierwsze w świecie ministerstwo oświaty i wychowania. Pijarzy zainicjowali w naszej Ojczyźnie kult Serca Pana Jezusa. Założyli bractwo Najświętszego Serca Pana Jezusa, zatwierdzone przez papieża Klemensa XI w 1705 r.

W ikonografii św. Józef Kalasancjusz przedstawiany jest w habicie zgromadzenia. Jego atrybutami są: lilia, księga, mitra i kapelusz kardynalski jako znak odmówionych godności, pióro pisarskie.