Franciszek urodził się 11 stycznia 1819 r. w Füssen (Bawaria, Niemcy). Był jednym z jedenaściorga dzieci Magnusa - kupca, właściciela sklepu włókienniczego - i Franciszki ze Schwarzenbachów. Ochrzczono go tego samego dnia w parafialnym kościele św. Magnusa. W 1830 r. w tym samym kościele jego ojciec został zakrystianem.
Po ukończeniu szkoły podstawowej w 1831 r. Franciszek za namową księdza rozpoczął naukę w Instytucie św. Stefana w Augsburgu. Już wtedy postanowił zostać kapłanem. Po maturze w 1839 r. kontynuował naukę na dwuletnim kursie filozofii na Uniwersytecie w Monachium. Następnie studiował tam teologię i przygotowywał się do seminarium, do którego wstąpił 19 września 1842 r. Zainteresował się też wtedy działalnością misyjno-ewangelizacyjną na rzecz najbardziej opuszczonych, prowadzoną przez Zgromadzenie Najświętszego Odkupiciela - redemptorystów. Z lektury listów misjonarzy z tego zgromadzenia, publikowanych na łamach katolickiego czasopisma "Syjon", dowiedział się o tysiącach emigrantów z Niemiec pozbawionych opieki duchowej w Stanach Zjednoczonych. Postanowił wtedy wstąpić do redemptorystów i zostać misjonarzem w USA. Jego prośba została przyjęta.
17 marca 1843 r. wypłynął z Le Havre we Francji i 20 kwietnia 1843 r. przypłynął do Nowego Jorku. Tam wstąpił do nowicjatu, jednocześnie kończąc studia teologiczne. 22 grudnia 1844 r. w kościele redemptorystów św. Jakuba w Baltimore otrzymał święcenia kapłańskie. Po kilku miesiącach został wikariuszem w parafii św. Filomeny w Pittsburghu w Pensylwanii. Proboszczem i przełożonym wspólnoty był wtedy św. Jan Neumann, o którym Franciszek napisał: "Wprowadził mnie do aktywnego życia misyjnego, (...) był moim kierownikiem duchowym i spowiednikiem". Przez sześć lat wraz ze św. Janem prowadzili bogatą działalność misyjną. Potem o. Franciszek Ksawery został mianowany przełożonym wspólnoty oraz mistrzem nowicjatu redemptorystów.
Miał pogodne usposobienie, był zawsze uśmiechnięty, interesował się losem potrzebujących i opuszczonych, zwłaszcza emigrantów. Dzięki łatwości nawiązywania kontaktów i znajomości kilku języków szybko stał się spowiednikiem i przewodnikiem duchowym wielu wiernych różnych narodowości. Jego konfesjonał był otwarty dla wszystkich - białych i czarnych. Przychodzili do niego penitenci nawet z bardzo daleka.
Był dobrym kaznodzieją: mówił w prosty, zrozumiały dla wszystkich sposób. Dlatego jego homilie, oparte na Piśmie świętym, trafiały do ludzi prostych i wykształconych. Ważnym elementem jego pracy była katechizacja dzieci. Uważał, że właśnie taka działalność jest podstawą rozwoju wspólnot parafialnych.
Franciszek Ksawery pracował kolejno w parafiach Baltimore (od 1854 r.), w Cumberland (od 1857 r.) i w Annapolis (od 1862 r.). Dodatkowo w dwóch ostatnich miastach był magistrem nowicjatu. Zajmował się nie tylko kształceniem, ale także dbał o dobro duchowe i zdrowie powierzonych sobie ludzi. Chciał wpoić im to, by jako kapłani i misjonarze byli wielkoduszni, chętni do poświęceń i pełni entuzjazmu. W czasie wojny secesyjnej 1863 r. uzyskał od prezydenta Abrahama Lincolna zwolnienie seminarzystów z poboru do wojska.
W 1860 r., gdy biskup Michael O'Connor opuścił diecezję, chciał, żeby jego miejsce zajął o. Franciszek Ksawery. Jednak on uważał, że się do tego nie nadaje. Napisał nawet list do papieża Piusa IX prosząc, "by oszczędził mu tego ciężaru". Był bardzo zadowolony, gdy inny kapłan został mianowany biskupem w Pittsburghu.
W latach 1863-1866 pielgrzymując po stanach Connecticut, Illinois, Missouri, New Jersey, Nowy Jork, Ohio, Pensylwania, Rhode Island i Wisconsin głosił Ewangelię po angielsku i po niemiecku. W 1866 r. został proboszczem w kościele Matki Bożej Wniebowziętej w Nowym Orleanie. We wrześniu 1867 r. odwiedzał, nie szczędząc sił, chorych na żółtą febrą. W ten sposób zaraził się tą chorobą. Wkrótce potem - 4 października 1867 r. - odszedł do Pana. Żył niecałe 49 lat.
9 kwietnia 2000 r. papież św. Jan Paweł II ogłosił go błogosławionym.