Małgorzata urodziła się 22 lipca 1647 r. w Burgundii (Francja). Kiedy Małgorzata miała zaledwie 4 lata, złożyła ślub dozgonnej czystości. Jej ojciec był notariuszem i sędzią. Zmarł, gdy Małgorzata miała 8 lat. Oddano ją wtedy do kolegium klarysek w Charolles. Ciężka choroba zmusiła ją jednak do powrotu do domu. Oddana z kolei na wychowanie do apodyktycznego wuja i gderliwych ciotek, wiele od nich wycierpiała. Choroba trwała cztery długie lata. Dziecko dojrzało w niej duchowo. Nie pociągał jej świat, czuła za to wielki głód Boga. Pragnęła też gorąco poświęcić się służbie Bożej. Musiała jednak pomagać w domu swoich opiekunów. Marzenie jej spełniło się dopiero kiedy miała 24 lata. Wstąpiła wtedy do Sióstr Nawiedzenia (wizytek) w Paray-le-Monial. Zakon ten założyli św. Franciszek Salezy (+ 1622) i św. Joanna Chantal (+ 1641), a przez 40 lat kierownictwo duchowe nad nim miał św. Wincenty a Paulo (+ 1660). Małgorzata otrzymała habit zakonny 25 sierpnia 1671 r. Musiała wyróżniać się wśród sióstr, skoro dwa razy piastowała urząd asystentki przełożonej, a w latach 1685-1687 była mistrzynią nowicjuszek.
Małgorzata była mistyczką - od 21 grudnia 1674 r. przez ponad półtora roku Pan Jezus w wielu objawieniach przedstawiał jej swe Serce, kochające ludzi i spragnione ich miłości. Chrystus żądał od Małgorzaty, by często przystępowała do Komunii świętej, jak tylko pozwoli jej na to posłuszeństwo, a przede wszystkim tego, by przyjmowała Go w Komunii świętej w pierwsze piątki miesiąca. Polecał także, aby w każdą noc z czwartku na pierwszy piątek uczestniczyła w Jego śmiertelnym konaniu w Ogrójcu między godziną 23 a 24: "Upadniesz na twarz i spędzisz ze Mną jedną godzinę. Będziesz wzywała miłosierdzia Bożego dla uproszenia przebaczenia grzesznikom i będziesz się starała osłodzić mi choć trochę gorycz, jakiej doznałem".
W związku z otrzymanym orędziem i poleceniem, aby ustanowiono święto czczące Jego Najświętsze Serce oraz przystępowano przez 9 miesięcy do pierwszopiątkowej Komunii św. wynagradzającej, Małgorzata doznała wielu przykrości i sprzeciwów. Nawet jej przełożona nie wierzyła w prawdziwość objawień. Dopiero w 1683 r., gdy wybrano nową przełożoną, Małgorzata mogła rozpocząć rozpowszechnianie Bożego przesłania. Od 1686 r. obchodziła święto Najświętszego Serca Jezusa i rozszerzyła je na inne klasztory sióstr wizytek. Z jej inicjatywy wybudowano w Paray-le-Monial kaplicę poświęconą Sercu Jezusa.
Małgorzata zmarła 17 października 1690 r. po 43 latach życia, w tym 18 latach profesji. Beatyfikował ją Pius IX (1864), kanonizował Benedykt XV (1920). Wraz ze św. Janem Eudesem jest nazywana "świętą od Serca Jezusowego". Kult Najświętszego Serca Pana Jezusa został uznany oficjalnie w 1765 r. przez Klemensa XIII.

W ikonografii św. Małgorzata Maria przedstawiana jest w czarnym habicie wizytek, w rękach trzyma przebite serce.