Juan Garavito y Vilela de Sanabria urodził się w 1499 r. w Alkantarze na zachodzie Hiszpanii. Pochodził z arystokratycznej rodziny. Jego ojciec, Pedro Garavita, był gubernatorem; jego matka natomiast, María Vilela de Sanabria, była szlachcianką. Studiował gramatykę i filozofię w rodzinnym mieście, a następnie prawo na uniwersytecie w Salamance.
W 1515 r., mając zaledwie 16 lat, ukończył studia, wstąpił do zakonu Braci Mniejszych i przyjął imię Piotr. Sześć lat później został wysłany do Badajoz, gdzie właśnie ufundowano nowy klasztor. Święcenia kapłańskie otrzymał w 1524 r. Wyróżniała go ogromna surowość życia. Był gwardianem klasztorów w Bajadoz i Plasencji, a wkrótce prowincjałem nad wszystkimi klasztorami franciszkanów obserwantów w Hiszpanii i Portugalii. Pełniąc ten urząd, dążył do przywrócenia surowych zasad w zakonie.
Podczas kapituły w Plasencji w 1540 r. zaprezentował Konstytucje dla członków ściślejszej obserwancji. Gdy spotkało się to z gwałtowną opozycją, zrezygnował z urzędu i udał się wraz z św. Janem z Avila do eremu w Górach Arrabida w Portugalii. Obaj dołączyli do przebywającego w odosobnieniu ojca Martina da Santa Maria. Bardzo szybko do eremitów franciszkańskich przyłączali się nowi naśladowcy. W ten sposób powstały niewielkie wspólnoty, z których ukonstytuowała się w roku 1560 prowincja franciszkańska ściślejszej obserwancji. Piotr został wybrany magistrem nowicjuszy i gwardianem klasztoru w Pallais.
W 1553 r. ojciec Piotr wrócił do Hiszpanii. Początkowo przebywał w odosobnieniu, a następnie odbył boso daleką podróż do Rzymu, gdzie w 1554 r. otrzymał pozwolenie papieża Juliusza II na zreformowanie życia zakonnego poprzez wprowadzenie pierwotnej reguły franciszkańskiej; na mocy tego pozwolenia mógł zakładać na Półwyspie Iberyjskim ubogie konwenty, które znalazły się pod jurysdykcją generała franciszkanów konwentualnych. W 1562 r. założona przez Piotra z Alkantary prowincja została podporządkowana generałowi obserwantów. Z czasem powstały kolejne dwie nowe kustodie: św. Jana Chrzciciela w Walencji oraz św. Szymona w Galicji.
Piotr założył klasztory w Perdosa, Plasencia i w innych miejscowościach. Zakonnicy z tej nowej, zreformowanej gałęzi, nazywani "alkantarystami", dotrwali do unii braci mniejszych obserwantów, która miała miejsce w 1897 roku.
Ojciec Piotr przyjaźnił się ze św. Teresą z Avili, reformatorką zakonu karmelitańskiego. Przez pewien czas był jej spowiednikiem i kierownikiem duchowym. To właśnie on miał duży udział w odnowie tego zakonu. Po śmierci ukazał się Teresie i powiedział: "O, szczęśliwa pokuto, która wyjednałaś mi łaskę chwały niebieskiej".
Nawet król Jan III wybrał go na swojego spowiednika. Bóg obdarzył św. Piotra cierpliwością, z której słynął w Hiszpanii. Miał też dar czynienia cudów (m.in. potrafił chodzić po wodzie), prorokowania oraz mistycznych ekstaz. Jego życie odznaczało się szczerym pragnieniem i praktyką życia w ubóstwie: spał cztery godziny na dobę w pozycji siedzącej, przez cały rok chodził boso i zachowywał ustawiczny post.
Był jednym z wielkich kaznodziejów i mistyków żyjących w Hiszpanii w XVI wieku. Pozostawił wiele pism, w których opisał także swoje przeżycia duchowe.
Zmarł 18 października 1562 r. w opinii świętości w infirmerii klasztoru franciszkańskiego w Arenas de San Pedro. Jego relikwie znajdują się w kościele ufundowanym przez hiszpańskiego króla. Relikwiarz, zawierający część szczątków św. Piotra z Alkantary, znajduje się w klasztorze franciszkanów św. Idziego i św. Bernardyna w Głubczycach.
Beatyfikował go papież Grzegorz XV w 1622 r., a kanonizował w 1669 r. papież Klemens IX. Dekretem Kongregacji ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów z 1826 r. Piotr z Alkantary ogłoszony został patronem Brazylii, a w 1962 r. - Estremadury. Jest również patronem diecezji Coria-Cáceres w Hiszpanii, a także polskiej prowincji Matki Bożej Anielskiej - ojców Franciszkanów Reformatów z Krakowa. Św. Piotra z Alkantary wzywa się podczas złośliwej gorączki. Jest też opiekunem straży nocnej z racji swego ciągłego czuwania.

W ikonografii przedstawiany jest w brązowym habicie franciszkańskim, przepasanym białym sznurem - cingulum z trzema węzłami symbolizującymi śluby zakonne: posłuszeństwa, ubóstwa i czystości. Najczęściej obejmuje duży krzyż, który jest symbolem umiłowania ducha pokuty i umartwienia, a także cierpliwości i wytrwania pomimo przeciwności losu. Według udokumentowanej tradycji, to właśnie św. Piotr z Alkantary wprowadził zwyczaj stawiania krzyży misyjnych w parafiach, które przeżywają lub odnawiają misje święte.
Ogromna rzeźba przedstawiająca świętego mistyka znajduje się we wnętrzu bazyliki św. Piotra w Watykanie wśród założycieli zakonów i zgromadzeń zakonnych. Jednym z piękniejszych przedstawień świętego jest obraz Giovanniego Battisty Pittoniego "Apoteoza św. Hieronima ze św. Piotrem z Alkantary", przechowywany w National Galleries of Scotland. W wielu franciszkańskich klasztorach znajdują się przedstawienia świętego - obrazy, rzeźby i witraże.