Alfons urodził się w rodzinie kupca w Segowii (Hiszpania) 25 lipca 1533 r. Kiedy miał 10 lat, do pierwszej spowiedzi i Komunii świętej przygotował go bł. Piotr Faber, jeden z pierwszych towarzyszy św. Ignacego Loyoli. W wieku 14 lat został przyjęty do kolegium jezuitów w Alcali. Po roku musiał je jednak opuścić, ponieważ zmarł jego ojciec i trzeba było zająć się administracją przedsiębiorstwa tekstylnego, które prowadził. W 1560 r. Alfons ożenił się z Marią Suarez. Po 7 latach szczęśliwego życia jego żona zmarła (1567). Zmarło także ich dwoje dzieci. Rozgorzało w nim pielęgnowane od młodości pragnienie kapłaństwa. Postanowił je wreszcie wypełnić. Sprzedał przedsiębiorstwo i rozpoczął studia na uniwersytecie w Walencji. Okazało się jednak, że po tylu latach przerwy w nauce miał zbyt wiele zaległości. Miał już bowiem 39 lat. Musiał zrezygnować ze studiów.
Alfons jednak nie poddał się. Wstąpił do jezuitów w charakterze brata zakonnego (1571). Nowicjat odbył na Majorce, w Palmas, i tam pozostał przez kolejnych 36 lat. Pełnił funkcję furtiana. Skazany na dobrowolne "więzienie" przy furcie, starał się wykorzystać cenny czas na modlitwę. Zasłynął duchem kontemplacji tak dalece, że miewał nawet zachwyty i ekstazy. Nie wypuszczał z rąk różańca. Z modlitwą łączył ducha pokuty. Przez całe lata walczył nieustannie z dręczącymi go pokusami. Zwalczał je postami, czuwaniami, biczowaniem ciała. W poczuciu posłuszeństwa spełniał najsumienniej wszystkie rozkazy i polecenia.
Wyróżniał się wielką cierpliwością. Do furty przychodzili różni ludzie: potrzebujący i wagabundy. Alfons umiał zawsze zdobyć się na życzliwe i uprzejme słowo. Kolegium jezuitów było duże, więc też i liczba interesantów znaczna. Klerycy, przebywający tu na studiach, budowali się anielską dobrocią furtiana. Wśród nich był także św. Piotr Klawer, późniejszy apostoł Murzynów amerykańskich, który z bratem Alfonsem zawarł serdeczną przyjaźń.
Bóg obdarzał Alfonsa niezwykłymi łaskami, m.in. darem proroctwa i czynienia cudów, objawieniami i widzeniami. W ostatnim czasie swego życia Alfons doświadczył chorób i utrapienia duszy; trzy dni przed śmiercią wszystkie dolegliwości ustały w zachwyceniu, jakiego doznał.
Zmarł w nocy z 30 na 31 października 1617 r. ze słowami: "Mój Jezusie" na ustach. W pogrzebie skromnego brata zakonnego wziął udział wicekról, biskup i duchowieństwo, zakonnicy i tłumy ludu. Największe poruszenie wywołał szereg idących na eksponowanym miejscu w procesji osób, które Alfons uzdrowił swoją modlitwą. Został beatyfikowany w roku 1825 przez Leona XII; kanonizował go - razem ze św. Janem Berchmansem - papież Leon XIII (1888).