Malachiasz urodził się w Armagh, w Irlandii, w roku 1094. Idąc za powszechnie panującym wówczas zwyczajem, jako chłopiec został uczniem Imana, głośnego wówczas w Irlandii ascety, późniejszego opata benedyktynów w Armagh. W 1119 roku otrzymał święcenia kapłańskie. Niebawem biskup Lismore, Malchus, zaprosił młodego, ale gorliwego kapłana do siebie. Oddał mu opactwo w Bangor.
W roku 1123 Malachiasz został biskupem w Connor. W czasie swoich krótkich rządów założył w diecezji nowy klasztor w Kerry. Zwolennicy reform czynili starania, by Malachiasz zasiadł na tronie prymasów Irlandii. Taka też była wola zmarłego właśnie prymasa w Armagh, metropolity Cellacha. Malachiasz został faktycznie na tę stolicę powołany. Niestety, uprzedził go uzurpator, Maurycy, uważając, że urząd ten należał dziedzicznie do jego rodziny. Po dwóch latach Maurycy zmarł, ale zaraz po nim zgłosił się jego najbliższy krewny, Nigellus. Malachiasz rządził wprawdzie Kościołem w Irlandii, ale jako biskup w Down. Niedługo potem biskupi Irlandii wysłali Malachiasza do Rzymu, by uprosił u papieża dwa paliusze metropolitalne: dla Armagh i dla siebie. Papież, poinformowany o sytuacji, nie udzielił nikomu paliusza, ale za to ustanowił Malachiasza swoim legatem na Irlandię. Zachęcił go, aby nadal energicznie przeprowadzał konieczną w tym kraju reformę. Malachiasz dawał przykład swoim ascetycznym życiem biskupom i kapłanom Irlandii. Zakładał klasztory i zakonnikom - według dawnego zwyczaju w Irlandii - powierzał parafie, a nawet diecezje.
Kiedy Malachiasz dowiedział się, że na stolicy papieskiej po Innocentym II zasiadł uczeń św. Bernarda z Clairvaux, Eugeniusz III, podążył ponownie do Rzymu, by złożyć mu hołd i prosić o paliusz. W nadziei, że papieża-nominata zastanie we Francji, udał się tam, ale już go tam nie zastał. Zatrzymał się w opactwie w Clairvaux i tu złożyła go w 54. roku życia śmiertelna choroba. Zmarł w Dzień Zaduszny w 1148 roku.
Na kanonizację nie czekał zbyt długo. Do chwały świętych wyniósł go papież Klemens III w 1190 roku. Jego wspomnienie obchodzono 3 listopada, ale nowa reforma kalendarza wyznaczyła na jego wspomnienie dla Irlandii dzień wcześniej, 2 listopada.
Św. Bernard z Clairvaux nazywa św. Malachiasza biskupem-prorokiem. Do naszych czasów nie przechowało się jednak żadne z jego proroctw. Być może powaga św. Bernarda zaważyła na tym, że Malachiaszowi zaczęto przypisywać przepowiednię o ostatnich papieżach. Odnaleziono ją dopiero w roku 1595. Odkrywca tego proroctwa, benedyktyn Arnold Wion, pisze przy opublikowaniu tych przepowiedni, że przypisywano je św. Malachiaszowi. Zawiera ono 112 krótkich zdań, które mają jakoby streszczać rządy kolejno po sobie następujących papieży. Chociaż niektóre z nich są zadziwiająco trafne, trudno coś o nich jak i o ich autorze powiedzieć. Nie są też autentyczne "proroctwa" o losach Irlandii i Hiszpanii, przypisywane temu Świętemu.
O sytuacji, jaka panowała w Irlandii za czasów św. Malachiasza, pisze św. Bernard. Nie ma on słów oburzenia na upadek obyczajów, jaki panował za jego czasów. Wychwala natomiast gorliwość pasterską Malachiasza: ten święty biskup udzielał bierzmowania, nawoływał do zawierania małżeństw kościelnych, wykorzeniał barbarzyńskie obyczaje. Obu świętych łączyła wielka przyjaźń. Malachiasz dwa razy odwiedził Bernarda. Posłał także do Clairvaux kandydatów i dzięki nim założył klasztory cystersów w Irlandii. Dlatego zakon ten uważa go i czci jako swojego członka.