Michał urodził się w 1891 r. w Guadalupe de Zacatecas (w środkowym Meksyku) w wielodzietnej rodzinie. Jego ojciec był inżynierem górnictwa i dyrektorem kopalni. W domu rodzinnym panowała głęboko katolicka atmosfera i szczere przywiązanie do Kościoła i jego pasterzy. W młodości Michał, który był najstarszym z jedenaściorga rodzeństwa, potrafił być duszą towarzystwa, przez wszystkich lubianym chłopakiem grającym na gitarze. Ale chętnie też wybierał samotne wędrówki i długie godziny zadumy nad swoim życiem. Dużo czasu spędzał na modlitwie. Zdarzyło się, że zbudował sobie pustelnię z kamieni, z której przebywał przez tydzień rozmyślając. Uczył się w dwóch kolegiach jezuickich. Był dobrym i pilnym, ale niezbyt zdolnym uczniem.
Jeszcze jako nastolatek wraz z zaprzyjaźnionymi jezuitami wybrał się do pobliskiego miasta. W tajemnicy założył sutannę jednego z nich i obchodząc okolicę wygłaszał kazania. Mieszkańcy chętnie gościli go obdarowując przy tym jajkami, serem, a nawet papierosami. Jezuici znaleźli go w końcu, ale nie ujawnili mistyfikacji.
Do 1911 r. pomagał ojcu w biurze. Kiedy w sierpniu tego roku jego dwie siostry wstąpiły do zakonu, i on zdecydował się wstąpić do nowicjatu jezuitów. W Meksyku nastał antyklerykalny rząd, który rozwiązał wszystkie zakony. Nowicjuszy przeniesiono wtedy do Kalifornii. Po złożeniu ślubów czasowych Michał wyjechał do Europy, by studiować filozofię i teologię w Hiszpanii i Belgii. Na kapłana wyświęcony został w 1925 r., kiedy to w obliczu antychrześcijańskich nastrojów w wielu częściach świata papież Pius XI ustanowił uroczystość Chrystusa Króla Wszechświata.
Mimo że po powrocie do ojczyzny w Meksyku nadal panowały antykatolickie rządy, Michał potajemnie odprawiał Msze święte w domach prywatnych, spowiadał, udzielał sakramentów i odwiedzał chorych, bo katolicy pozbawieni zostali przez liberalny reżim możliwości uczestniczenia w Eucharystii i posługi kapłańskiej. Wspomagał chętnie ubogich, organizując dla nich pomoc. Sam dostarczał im żywność, m.in. dźwigał worki z mąką. By uniknąć aresztowania, przebierał się za żebraka lub udawał szalonego. Kiedyś, uciekając przed policją, zauważył mijającą go dziewczynę. Bez zastanowienia wziął ją pod rękę i wyszeptał: "Pomóż mi - jestem księdzem". W rezultacie ścigający go policjanci nie zwrócili uwagi na "zakochanych".
Niestety po prawie dwóch latach działań w ukryciu nastąpił niespodziewany obrót spraw. W niedzielę 13 listopada 1927 r. ktoś w nieudanym zamachu bombowym usiłował zabić prezydenta Álvaro Obregón. Ani o. Michał, ani jego bracia nie brali udziału w spisku, ale samochód jednego z nich był taki sam, jak samochód użyty podczas próby zamachu. Nie miało znaczenia, że auto jezuitów kilka dni wcześniej zostało sprzedane. Bracia obawiając się, że zostaną powiązani z tym zamachem, chcieli zbiec do Stanów Zjednoczonych, ale nie zdążyli. 18 listopada 1927 r. policja otoczyła dom, w którym przebywali. Aresztowano Michała wraz z dwoma rodzonymi braćmi: Hubertem i Robertem. 22 listopada osądzono ich i wydano wyrok śmierci (Robert w ostatniej chwili został ułaskawiony).
Następnego dnia o. Michał stanął przed plutonem egzekucyjnym. W jednej ręce ściskał metalowy krzyżyk, który otrzymał w dniu swoich pierwszych ślubów, a w drugiej różaniec. Zanim został rozstrzelany, przebaczył wszystkim i poprosił o chwilę modlitwy, którą odmówił klęcząc i przytulając do piersi krzyż. Potem z różańcem w lewej, a z krucyfiksem w prawej, wyciągnął ręce na kształt krzyża i czekał na śmierć. Gdy padł rozkaz do strzału, zawołał: "Vivo Cristo Rey!" - "Niech żyje Chrystus Król". Pięć kul utkwiło w jego ciele. Gdy już upadł, jeden z podoficerów strzelił mu w głowę, by mieć pewność, że na pewno nie żyje. Jego brat, Hubert, został zabity tego samego dnia.
Szef miejscowej policji po egzekucji powiedział: "Dobrze wiem, że był niewinny, ale trzeba było zabić kapłana, aby inni się bali". Pogrzeb Michała Augustyna Pro był początkiem jego kultu. Uczestniczyło w nim - mimo zakazu - około 20 tysięcy wiernych. Ojca Pro beatyfikował św. Jan Paweł II 25 września 1988 r. razem z innymi męczennikami meksykańskimi początku XX wieku.