Juan Diego urodził się w 1474 r. w wiosce Tlayacac, odległej o ok. 20 km od obecnej stolicy Meksyku. Rodzice dali mu indiańskie imię Cuauhtlatoatzin, które w języku Azteków znaczy "Mówiący Orzeł". Należał do najbiedniejszej, a zarazem najliczniejszej klasy społeczności Azteków. Ciężko pracował na roli i zajmował się wyrabianiem mat w zamieszkanym przez plemię Nahua mieście Cuautitlan, zdobytym przez Azteków w 1467 r. Gdy państwo Azteków zostało podbite przez Hiszpanów (1519-1521), Juan Diego wraz z żoną Malitzin (Maria Łucja) przyjęli w 1524 r. chrzest, prawdopodobnie z rąk hiszpańskiego misjonarza, franciszkanina o. Torbio de Benavente. Otrzymał imię Juan Diego. Byli jednymi z pierwszych nawróconych Azteków. W kilka lat później, w 1529 roku, Maria Łucja zmarła, nie pozostawiając potomstwa. Po jej śmierci Juan Diego przeniósł się do swego wuja do Tolpetlac.
Juan Diego był bardzo gorliwym chrześcijaninem. W każdą sobotę i niedzielę przemierzał pieszo kilkanaście mil ze swojej wioski do kościoła w Tenochtitlan, by uczestniczyć we Mszy św. i katechizacji. Podczas jednej z takich wypraw, w sobotni poranek 9 grudnia 1531 r., na wzgórzu Tepeyac objawiła mu się Matka Boża. Zgodnie z życzeniem Maryi, na wzgórzu wkrótce wybudowano kaplicę, w której umieszczono Jej cudowny wizerunek odbity na płaszczu Indianina. Juan Diego zamieszkał w pokoju, przygotowanym dla niego obok świątyni. Spędził tam resztę życia, opowiadając przybywającym do sanktuarium pielgrzymom o objawieniach, wyjaśniając prawdy wiary i przygotowując wielu do chrztu. Zmarł 30 maja 1548 r. w wieku 74 lat i został pochowany na wzgórzu Tepeyac.
6 maja 1990 r. św. Jan Paweł II ogłosił go błogosławionym, a 31 lipca 2002 r., podczas swojej kolejnej pielgrzymki do Meksyku, włączył go do grona świętych.