Jan urodził się w Faucon, w miasteczku leżącym na pograniczu Włoch i Francji (dzisiaj departament francuski Basses-Alpes). Data jego narodzin wydaje się pewna - to rok 1154. Pewny jest również rok jego śmierci - 1213. Matka zaraz po urodzeniu ofiarowała syna Matce Bożej. Zapewniła także dziecku religijne wychowanie. Po ukończeniu pierwszych lat nauki, zapewne w Aix-en-Provence, Jan udał się do Paryża, gdzie kształcił się w latach 1175-1191. Studia uwieńczył doktoratem. W 1194 roku przeniósł się do Moguncji, ale w 1206 roku powrócił do Paryża.
Przyjął święcenia kapłańskie. W czasie pierwszej sprawowanej Mszy, 29 stycznia 1194 roku, ukazał mu się Pan Jezus, trzymający ręce na dwóch niewolnikach, spiętych ze sobą razem żelazną obręczą - jeden z nich był rasy białej, a drugi czarnej. Jan zrozumiał, że Pan Bóg powołuje go do opieki nad więźniami chrześcijańskimi, których Arabowie w korsarskich wypadach na wybrzeżach Europy porywali i wywozili jako niewolników do Afryki. Poruszony do głębi tym widzeniem, Jan udał się do św. Feliksa de Valois, który w Cerfroid, oddalonym o ok. 70 km od Paryża, założył pustelnię. Tam to opracowano konkretny zarys nowej rodziny zakonnej i jej konstytucji. Dla upewnienia się, czy taka jest wola Boża, Jan powrócił do Paryża i zasięgnął rady tamtejszego biskupa i opata klasztoru od św. Wiktora. Kiedy ci zachęcili go do realizacji tak szlachetnego planu, Jan zabrał się do dzieła. Rychło powstały dwa klasztory: w Planels oraz w Bourg-la-Reine. Najwięcej kandydatów-ochotników znalazł wśród młodzieży akademickiej.
Zakonowi nadał nazwę Zakonu Trójcy Przenajświętszej (zwanego powszechnie trynitarzami). Dla podkreślenia swojego szczególnego nabożeństwa do Boga w Trzech Osobach wprowadził zwyczaj, że wszystkie klasztory i kościoły zakonu były pod wezwaniem Trójcy Świętej. Strojem zakonnym był biały habit z krzyżem na piersiach barwy niebieskiej i czerwonej. Kiedy przybył do Rzymu, by prosić o zatwierdzenie swojego zakonu, papieżem został wybrany Innocenty III (1198-1216), jego kolega ze studiów paryskich. Papież zatwierdził zakon, a trzy już istniejące klasztory wziął pod swoją opiekę. W następnym roku Jan znalazł się ponownie w Rzymie, aby uprosić u papieża list polecający jego misję do króla Maroka, Miramolina. Równocześnie zbierał jałmużnę, by zdobyć konieczne pieniądze na wykup chrześcijańskich niewolników. Misja powiodła się nader pomyślnie. Jan powrócił do Marsylii ze 186 osobami wykupionymi z niewoli. Fakt ten zyskał zakonowi rozgłos i pomnożył liczbę zgłaszających się do niego kandydatów. Powstały cztery nowe klasztory. Równocześnie założone zostało zgromadzenie sióstr trynitarek.
Sprawa wykupu niewolników z rąk muzułmańskich przysparzała jednak Janowi nowe kłopoty: trzeba było bowiem wyszukiwać rodziny wykupionych, zapewnić wykupionym tymczasową opiekę i byt, a także środki, by mogli do swoich rodzin powrócić. Jan założył więc dla nich tymczasowe przytułki. Z bulli papieskiej, wydanej w 1209 roku, dowiadujemy się, że istniało wtedy już ok. 30 klasztorów trynitarzy. Papież uczynił także gest, fundując w samym Rzymie na wzgórzu Celio dla zakonu klasztor z przytułkiem dla uwolnionych z niewoli.
Ostatnie lata Jan spędził właśnie we wspomnianym klasztorze rzymskim, gdyż w Wiecznym Mieście łatwiej mu było kierować nowe ekspedycje do Maroka i Tunisu. Tam też zmarł 17 grudnia 1213 roku. Dnia 19 marca 1665 roku dwaj trynitarze hiszpańscy wykradli relikwie Jana i przewieźli je do Hiszpanii. Kiedy w XIX w. zlikwidowano tam zakon, relikwie św. Jana przeniesiono do kościoła sióstr trynitarek w Madrycie, gdzie znajdują się do dziś.
Do Polski trynitarzy sprowadził kardynał Jan Kazimierz Denhof. Założyli oni klasztory m.in. we Lwowie (1686), w Warszawie (1688), w Krakowie (1689) i w Stanisławowie (1690). Trynitarze polscy w ciągu niespełna stulecia (1688-1782) urządzili 18 wypraw do Kamieńca Podolskiego, uwalniając z niewoli tureckiej ok. 1000 jeńców wziętych do niewoli. W roku 1772 istniała już prowincja polskich trynitarzy, licząca 25 klasztorów i ok. 300 zakonników. W roku 1783 Polak, Stanisław Oborski, został nawet wybrany przełożonym generalnym zakonu, zaś trzech innych Polaków było przełożonymi nad wszystkimi klasztorami trynitarzy poza Hiszpanią, gdzie zakon był najmocniejszy. Według pilnie prowadzonych rejestrów, zakon w ciągu wieków wykupił z niewoli kilkadziesiąt tysięcy niewolników. Reformę zakonu przeprowadził św. Jan Chrzciciel od Niepokalanego Poczęcia (+ 1613), kanonizowany przez papieża Pawła VI w 1975 roku.