Franciszek urodził się 14 sierpnia 1607 roku w hiszpańskim mieście Baquerin de Campos. W wieku 17 lat został dominikaninem. Wstąpił do zakonu w miejscowości Valladolid. W lutym 1632 r. wysłano go do Manilii na Filipinach, gdzie otrzymał święcenia kapłańskie. W tym mieście został przez następnych 9 lat. Miejscowy klimat, choroby i orientalny gwar prawdopodobnie przygotowywały go do jeszcze bardziej wymagającej misji.
W tym czasie w Hiszpanii zrodziło się pragnienie szerzenia wiary, zainicjowane przez św. Ludwika Bertranda, Filipa de las Casas i św. Franciszka Ksawerego. Wielkim echem odbiły się wieści o męczeństwie bł. Alfonsa Navarette w Japonii. Być może w takiej atmosferze, chcąc się wzorować na współczesnych świętych, w 1642 roku - na własną prośbę - Franciszek Capillas został wysłany na misję w Chinach wraz z Franciszkiem Diazem. Prześladowania tak zdziesiątkowały miejscowych kapłanów, że jedynym księdzem, który ich tam przywitał, był Jan Garcia. Franciszek Capillas od razu rozpoczął posługę i w latach 1644-1646 udało mu się rozwinąć misję i ustanowić świeckich dominikanów w Chinach. Jeden ze świadków jego działalności tak wspominał tamte dni: "Kiedy o. Capillas był w drodze, było w nim tak gorące pragnienie pomagania duszom, że wspinaczka po stromych górach była mu niby przechadzka po poziomej drodze".
13 listopada 1647 r. w czasie inwazji Tatarów został posłany z sakramentami do umierającego chrześcijanina. W drodze schwytali go żołnierze i uznali za szpiega, a następnie aresztowali. Do aresztu prowadzono go za linę uwiązaną wokół jego szyi. Osadzono go w więzieniu o najgorszej reputacji. Był wielokrotnie torturowany w czasie przesłuchań. W zamian za wyrzeczenie się wiary obiecywano mu wolność. On jednak pozostał wierny i nawet w więzieniu głosił współtowarzyszom Ewangelię. Przebywał tam 2 miesiące.
Zmarł 15 stycznia 1648 roku w chińskim mieście Fu'an. Wykonano na nim egzekucję poprzez ścięcie. Papież Benedykt XIV ogłosił go protomęczennikiem chińskim - pierwszym świętym, który wylał krew za Chiny - 16 września 1748 roku. Został beatyfikowany 2 maja 1909 roku przez św. Piusa X. Natomiast kanonizował go św. Jan Paweł II w dniu 1 października 2000 roku wraz z grupą 120 męczenników chińskich.