O młodości Flawiana historia przekazała nam skąpe wiadomości. Nestoriusz przekazał nam jedynie informację, że od bardzo wczesnych lat Flawian oddał się na służbę Panu Bogu. Teodor Lektor (wiek VI) pisze, że Flawian był kustoszem, czyli proboszczem, kościoła katedralnego Hagia Sofia w Konstantynopolu. W lipcu 446 roku został wybrany na patriarchę Konstantynopola po św. Proklusie.
Jego rządy na stolicy konstantynopolitańskiej nie były bynajmniej spokojne. Już od samego początku wszedł w konflikt z Chryzafem, wysokim urzędnikiem cesarza Teodozjusza II, który spodziewał się, że za udzielone biskupowi poparcie otrzyma od niego jakiś kosztowny prezent, jak to było wówczas w zwyczaju. Niechęć dworu cesarskiego do patriarchy wzrosła, kiedy Flawian na synodzie w Konstantynopolu w roku 448 potępił naukę Eutychesa, który głosił, że Chrystus miał tylko jedną naturę Boską, podobnie jak jedną osobę. Papież św. Leon I Wielki w osobnym liście pochwalił za to Flawiana i przy tej okazji wyjaśnił w sposób jasny naukę Kościoła. Dwór cesarski nadal jednak popierał Eutychesa. Zwołał nawet do Efezu pseudo-synod, gdzie błędną naukę Eutychesa ogłoszono za prawowierną i nakazano się jej trzymać. Tam też ogłoszono Flawiana heretykiem, wyłączono go z Kościoła i skazano na wygnanie. Synod ten słusznie nazwano synodem "zbójeckim", gdyż pobito na nim prawowiernych biskupów. Flawiana skopano i poturbowano pięściami (449).
W drodze na wygnanie traktowano Flawiana jak zbrodniarza. Starzec zmarł, nie doszedłszy nawet do miejsca, które cesarz przeznaczył mu na zsyłkę (449). W niecały rok potem zmarł również cesarz Teodozjusz II. Wszyscy widzieli w tym jawną karę Bożą. Następca Teodozjusza II, cesarz Marcjan, i jego małżonka św. Pulcheria sprowadzili bardzo uroczyście relikwie św. Flawiana do Konstantynopola i złożyli je w kościele Świętych Apostołów, który spełniał wówczas rolę mauzoleum świętych Kościoła wschodniego. Sobór Chalcedoński w roku 451 potępił naukę Eutychiusza (Eutychesa), a depozycję św. Flawiana i kary na niego rzucone uznał za nieważne. Po śmierci wielki bojownik o czystość wiary doczekał się więc rehabilitacji.