Bernard Paganelli prawdopodobnie pochodził spod Pizy. Był przeorem klasztoru S. Zeno w Pizie, a w 1128 r. został administratorem biskupstwa. W roku 1134, w czasie zwołanego do Pizy synodu, zetknął się zapewne ze św. Bernardem, porzucił swe dobra i został mnichem w Clairvaux. Spełniał tam bardzo niskie posługi, ale św. Bernard wysłał go wkrótce na czele gromady mnichów do Italii dla objęcia ofiarowanych tam opactw. Początkowo kierował klasztorem pod Farfą, potem z woli Innocentego II przeniósł się do opactwa św. Anastazego przy Źródłach Salijskich (Tre Fontane) pod Rzymem.
Wieczne Miasto było wówczas pełne niepokojów i zamieszek. Po śmierci Lucjusza II kardynałowie zebrani w pośpiechu wybrali jego następcą Bernarda, chociaż nie należał on do świętego kolegium i nie był biskupem. Nowo obrany papież przyjął imię Eugeniusza III. Został pierwszym cystersem na tronie papieskim. Po wyborze nie zrezygnował z noszenia habitu. Zaraz po objęciu urzędu Piotrowego musiał oddalić się ze wzburzonego miasta i przyjął sakrę w Farfie. Pośród zmiennych kolei próbował uspokoić Rzym, w czym wspierali go kardynałowie oraz ludność Kampanii. Już jednak w roku następnym musiał znowu opuścić miasto.
Tymczasem doszły do niego złe wiadomości z Ziemi Świętej; papież zabrał się więc do zorganizowania wyprawy krzyżowej. W istotny sposób pomagał mu w tym jego duchowy mistrz, św. Bernard. W roku 1147 odwiedził Lyon, Cluny, Dijon, gdzie witał go uroczyście Ludwik VII. Przebywał potem w Paryżu, a 10 czerwca 1148 r. wręczył królowi proporzec krzyżowców. Następnie poprzez Auxerre, Cîteaux i Verdun pojechał do Trewiru, nadal w towarzystwie św. Bernarda. Uczestniczył następnie w synodzie w Reims, udał się jeszcze do Clairvaux, wreszcie wrócił do Italii, ale do wzburzonego Rzymu nie dotarł. Zatrzymał się w Viterbo.
Tymczasem ogłoszona przez niego krucjata okazała się fiaskiem. Król francuski i św. Bernard podjęli więc przygotowania do następnej. Nie było to po myśli Eugeniusza, ale w końcu projekt zatwierdził. Na projekcie wszystko się skończyło. Nie lepiej miały się sprawy w Italii. Nie mogąc osiąść w Rzymie, papież przebywał w Albano, Segni i Ferentino, a dopiero pod koniec 1152 r., wezwany przez lud samego Rzymu, wrócił do swego pałacu na Lateranie. Reszta dni upłynęła mu we względnym spokoju. Zużytkował je dla dobra Kościoła, będąc, jak poprzednio, w ścisłej łączności z Bernardem. Jemu to dedykował serię listów zebranych w traktat De consideratione. Jemu też nie szczędził rad i uwag, które nie zawsze były dyskretne, ale też nie zawsze znajdywały spodziewany posłuch. Korzystając z nich, papież zachował wyraźnie niezależność sądu i poczynań.
Oddaliwszy się w czasie letnich upałów z miasta, Eugeniusz umarł po krótkiej chorobie w Tivoli 8 lipca 1153 r. Jego kult, żywy zwłaszcza u cystersów, zaaprobowano dopiero w roku 1872.