Franciszek urodził się 20 maja 1907 r. w małej wsi St. Radegung w północnej Austrii, w diecezji Linz. Choć był praktykującym katolikiem, jego życie nie zawsze było przykładne. W 1933 r. z nieformalnego związku z Theresią Auer urodziła mu się córka, którą uznał i bardzo kochał. W 1936 r. poślubił Franziskę Schwaniger, z którą miał trzy córki. Oboje byli bardzo pobożni i codziennie uczestniczyli we Mszy św.
Był zagorzałym przeciwnikiem nazizmu i odmawiał współpracy z reżimem. Kiedy w 1943 r. został powołany do wojska, oświadczył, że jako chrześcijanin nie może służyć hitlerowskiej ideologii. Decyzja ta była tym trudniejsza, że podjął ją w osamotnieniu i nie miał oparcia w żadnej opozycyjnej grupie czy organizacji.
6 lipca 1943 r. sąd wojskowy w Berlinie skazał go na śmierć na gilotynie. Wyrok wykonano 9 sierpnia 1943 r. w w Berlinie-Brandenburgu. Na kilka godzin przed egzekucją pisał do Franziski: "Najdroższa żono i matko, nie mogłem oszczędzić wam cierpień, które musicie teraz znosić z mojego powodu. Naszemu Zbawicielowi też było ciężko, gdy przez swą mękę i śmierć skazywał swą matkę na tak wielki ból. Ufam Jego nieskończonemu miłosierdziu. (...) Pamiętaj, najdroższa, o obietnicy, którą Jezus złożył tym, którzy świętują dziewięć piątków poświęconych Jego Najświętszemu Sercu. A teraz Jezus przyjdzie do mnie w Komunii świętej i da mi siłę na drogę do wieczności".
Beatyfikacja Franciszka Jägerstättera odbyła się 26 października 2007 r. w katedrze w Linzu. Uczestniczyła w niej żona błogosławionego, Franziska, i jego cztery córki. Uroczystości przewodniczył na polecenie papieża Benedykta XVI kard. Jose Saraiva Martins.