Budowy kościoła na warszawskiej Pradze podjął się w 1886 r. ks. Ignacy Dudrewicz. Świątynia została zbudowana w latach 1887-1904 według projektu Józefa Piusa Dziekońskiego, twórcy kilkudziesięciu kościołów Polsce (architekt sam uznał tę budowlę za swoje największe osiągnięcie). Konsekracja kościoła miała miejsce 29 września 1901 r. Otrzymał on dwóch patronów: św. Floriana, męczennika, i św. Michała Archanioła. W 1939 r. kościół uległ częściowemu zniszczeniu; szybko go jednak odbudowano. Kościół praktycznie zawalił się we wrześniu 1944 r., wysadzony przez wycofujących się z Pragi Niemców. W 1947 r. rozpoczęła się jego odbudowa.



25 marca 1992 r. po zatwierdzeniu nowego podziału terytorialnego Kościoła w Polsce bullą Totus Tuus Poloniae Populus papieża św. Jana Pawła II powstała nowa diecezja warszawsko-praska obejmująca obszar prawobrzeżnej Warszawy i okolic. Jako katedrę nowo powstałej diecezji obrano kościół pw. św. Michała Archanioła i św. Floriana, męczennika, podnosząc go do rangi katedry. W marcu 1997 r. na skutek starań biskupa ordynariusza papież św. Jan Paweł II specjalnym breve nadał katedrze praskiej tytuł bazyliki mniejszej. Uroczystość nadania tytułu miała miejsce 5 maja 1997 r.
Ordynariuszem diecezji jest biskup Romuald Kamiński. Pomaga mu biskup Jacek Grzybowski oraz biskup senior Kazimierz Romaniuk. W diecezji, obejmującej obszar ok. 3,3 tys. km kwadratowych, mieszka ponad 1,4 mln osób. W 21 dekanatach obejmujących 187 parafii pracuje ok. 480 kapłanów diecezjalnych i ok. 130 zakonnych. Patronką diecezji jest Matka Boża Zwycięska.

Najważniejszym wydarzeniem w historii diecezji warszawsko-praskiej była wizyta Ojca Świętego w dniu 13 czerwca 1999 r. Spotkanie ze św. Janem Pawłem II odbyło się na placu przed katedrą. Papież mówił wtedy m.in.:

Pierwsza chrześcijańska wspólnota, którą Łukasz przedstawił w Dziejach Apostolskich jako przykład dla nas, umacniała się Eucharystią. Wielkie znaczenie dla Kościoła i jego poszczególnych członków ma sprawowanie Eucharystii. Jest ona, jak przypomina Sobór, "źródłem i szczytem całego życia chrześcijańskiego" (por. Sobór Watykański II, konstytucja Lumen gentium, 11). Św. Augustyn nazywa ją "więzią miłości" (św. Augustyn, In Evangelium Johannis tractatus, 26, 6, 13). Jak czytamy w Dziejach Apostolskich, ta "więź miłości" była od początku źródłem jedności wspólnoty uczniów Chrystusa. Z niej wypływała troska o potrzebujących braci, tak że swoje dobra "rozdzielali każdemu według potrzeby" (por. Dz 2, 45). Ona była źródłem radości, prostoty serca i wzajemnej życzliwości. Dzięki tej eucharystycznej "więzi miłości" wspólnota chrześcijańska mogła trwać jednomyślnie w świątyni i jednym sercem szczerze wielbić Boga (por. Dz 2, 46-47), a wszystko to było czytelnym świadectwem dla świata: "Pan zaś przymnażał im codziennie tych, którzy dostępowali zbawienia" (Dz 2, 47).
Miłość i jedność płynąca z Eucharystii nie jest tylko wyrazem ludzkiej solidarności, ale jest uczestnictwem w samej miłości Bożej. Na niej buduje się Kościół. Ona jest warunkiem skuteczności jego zbawczego posłannictwa.