Małgorzata urodziła się w 1382 r. (według innych źródeł - w 1390 r.) w Pignerolo jako najstarsze z czworga dzieci księcia Piemontu i tytularnego księcia Achai, Ludwika Sabaudzkiego, i Katarzyny, córki księcia Amadeusza III z Genewy; była siostrzenicą papieża Klemensa VII. Rodzice umarli, gdy była jeszcze dzieckiem, dlatego została oddana wraz z jedną z trzech sióstr, Matyldą, pod opiekę wuja, który w 1403 r. wydał ją za mąż za owdowiałego Teodora, markiza Montferrat, pochodzącego ze skłóconych z jej rodem potomków bizantyjskich cesarzy - rodziny Paleologów. Mariaż ten miał zakończyć trwający od lat konflikt.
Małżeństwo Małgorzaty i Teodora było udane, ale kochający się małżonkowie byli bezdzietni. Gdy w 1418 r. markiz Montferrat zmarł, wdowa stała się świetną partią; Małgorzata jednak nie zamierzała wychodzić ponownie za mąż. Bardzo cierpiała po śmierci męża, do którego była przywiązana. Ponadto od dzieciństwa była bardzo pobożna, jej wiara pogłębiła się jeszcze w czasie wizyty w ich włościach św. Wincentego Ferreriusza, wędrownego kaznodziei. Jej decyzja o przyjęciu habitu dominikańskiego nie była więc zaskakująca. Pozostawiając zarządzanie marchią Montferrat Janowi-Jakubowi - synowi męża z pierwszego małżeństwa, wstąpiła do Trzeciego Zakonu św. Dominika i dobrowolnie złożyła ślub czystości.
Wprawdzie książę Mediolanu, Filip Maria Visconti starał się o jej rękę, prosząc papieża Marcina V o zwolnienie Małgorzaty ze ślubów zakonnych i taką zgodę otrzymał, ale Małgorzata nie chciała wychodzić za mąż. W poszukiwaniu odpowiedniego miejsca dla siebie trafiła na popadający w ruinę klasztor w Albie, w którym mieszkało kilka sióstr żyjących bardzo ubogo. W 1426 r. Małgorzata kupiła go, zamieniła w klauzurowy i przyjęła regułę drugiego zakonu dominikańskiego, zatwierdzoną przez papieża Eugeniusza IV w 1445 r. Na patronkę klasztoru wybrała św. Marię Magdalenę. Do końca życia była tu ksienią. Jej życie wypełniały modlitwy, kontemplacja i pokuta.
Jak wynika z zachowanych listów, przyczyniła się do rezygnacji z urzędu przez jej kuzyna, Amadeusza VIII Sabaudzkiego, który został wybrany na antypapieża (jako Feliks V) podczas schizmatycznego soboru w Bazylei. Pod jej wpływem Amadeusz ukorzył się przed papieżem ze stolicy Piotrowej, a później został nawet kardynałem i umarł w opinii świętości.
Miewała liczne objawienia Matki Bożej i Pana Jezusa. W jednym z nich Chrystus zapytał ją, jaki rodzaj cierpienia wybiera: znoszenie oszczerstw, choroby czy prześladowań. Wybrała wszystkie trzy i potem pokornie te cierpienia znosiła. Jej niedoszły małżonek, książę Visconti, zarzucał jej popieranie herezji. Małgorzata często i długo chorowała, oskarżano ją też o tyranię w klasztorze.
Pewnego dnia niemłodą już Małgorzatę odwiedził syn jednego z jej pasierbów, który polując w pobliżu ustrzelił łanię. Okazało się, że pozostał po niej jelonek i właśnie jego przyniósł do klasztoru młodzieniec. Malutkie zwierzątko potrzebowało troskliwej opieki i znalazło ją u sióstr. Miało pełny dostęp do ich cel i innych pomieszczeń klasztornych. Niestety kapelan klasztoru wyraził dezaprobatę i Małgorzata ze smutkiem zaprowadziła jelonka do lasu, wyjaśniając mu przy tym, dlaczego musi to zrobić. Jelonek odszedł, ale wrócił, gdy Małgorzata umierała i był przy niej do chwili jej odejścia do Pana.
Z klasztorem Małgorzaty związana jest jeszcze jedna ciekawa historia. W 2000 r. siostry z Albie opublikowały po raz pierwszy trzy dokumenty, zapieczętowane w XV w., dotyczące wizji, jakie w 1454 r. miała na łożu śmierci w obecności Małgorzaty jedna z sióstr zgromadzenia - Filipina. Pochodziła ona również z rodu sabaudzkiego, w ekstazie opisywała spotkania z Matką Bożą i innymi świętymi, m.in. z Katarzyną ze Sieny. W jednej z wizji Najświętsza Panna mówiła jej o "potworze, który powstanie na wschodzie, i który przysporzy wielkiego cierpienia wiernym, ale który zostanie zniszczony przez Maryję, w różańcu z Fatimy, jeżeli zostanie Ona z pokorą wezwana". Było to ponad 450 lat przed objawieniami w Fatimie.
Dwa dni przed śmiercią Małgorzata poprosiła o położenie jej pod krucyfiksem w jej celi, w której nagle, gdy znalazła się u stóp Jezusa - zrobiło się jasno. Siostry usłyszały jakby chóry anielskie oznajmujące przybycie Pana. Powtórzyło się to następnego dnia, w święto św. Cecylii. W dniu śmierci, po przyjęciu sakramentu namaszczenia chorych, w celi Małgorzaty widziano nieznaną zakonnicę, która przypominała św. Katarzynę ze Sieny, do której umierająca miała szczególne nabożeństwo i której listy kazała sobie kopiować. Małgorzata zmarła w Albie 23 listopada 1464 r. w opinii świętości.
Początkowo jej ciało złożono w skromnym grobowcu, a w 1481 r. przeniesiono je do znacznie większego i bogatszego nagrobka, wystawionego w klasztorze, który założyła. Tam w nienaruszonym stanie, w srebrnej trumnie, spoczywa do dnia dzisiejszego. Beatyfikował ją w 1669 r. papież Klemens IX. Jest jedną z trzech wyniesionych na ołtarze księżniczek Zakonu Dominikańskiego i patronką wdów.