Jan urodził się 8 października 1873 roku w Weronie, we Włoszech, jako najmłodsze z siedmiorga dzieci ubogiej, pobożnej rodziny. Jego ojciec był szewcem, a matka - służącą. Chodził do parafialnego przedszkola i parafialnej szkoły ludowej. Później uczył się eksternistycznie w gimnazjum, które działało przy seminarium. Od dzieciństwa pragnął zostać kapłanem. Ubóstwo i przedwczesna śmierć rodziców opóźniło realizację jego planów. Musiał ponadto przerwać naukę w trzeciej klasie, ponieważ został powołany do wojska. Zatrudniono go w szpitalu. Wyróżniał się dobrocią i pobożnością, dzięki niemu wielu jego współtowarzyszy i przełożonych zbliżyło się do wiary katolickiej.

Po skończeniu służby wojskowej wstąpił do seminarium, a w wieku 23 lat rozpoczął studia teologiczne. Już jako student pomagał sierotom i chorym. W 1898 roku, wraz z grupą kleryków i osób świeckich, założył Pobożne Stowarzyszenie Opieki nad Ubogimi Chorymi. Trzy lata później, w dniu 11 sierpnia 1901 roku, przyjął święcenia kapłańskie. Przez pierwszych 6 lat posługi pracował jako duszpasterz w parafii św. Stefana w Weronie, zajmując się nadal ubogimi, chorymi i opuszczonymi. W 1907 roku został wikariuszem przy kościele św. Benedykta, gdzie szczególną opieką duszpasterską otoczył żołnierzy. Tu także w dniu 26 listopada tego samego roku założył Dom dla Dobrych Chłopców, który dał początek zgromadzeniu Ubogich Sług Bożej Opatrzności. Instytut wspomagał sieroty i ubogie dzieci, a także ludzi starych i chorych. Wkrótce powstały nowe domy na terenie całych Włoch, a później także za granicą. Papież Pius XII zatwierdził je oficjalnie w dniu 25 kwietnia 1949 roku.
Wcześniej, bo już w 1910 roku Jan założył żeńską gałąź zgromadzenia Ubogich Służebnic Bożej Opatrzności (w dniu 25 grudnia 1981 roku otrzymało ono zatwierdzenie papieskie). Włączył też w duszpasterską i charytatywną działalność Kościoła osoby świeckie, zakładając w 1944 roku Rodzinę Braci Eksternistów (zwanych niekiedy Braćmi Zewnętrznymi).
Bliska mu była także działalność ekumeniczna. Utrzymywał braterskie stosunki z protestantami, wyznawcami Kościoła prawosławnego i Żydami. Dzięki swej dobroci i mądrości był wielkim autorytetem i osobą niezwykle poważaną w wielu środowiskach ówczesnej Europy. Zwracali się do niego z prośbą o pomoc i radę duchowni i świeccy. "Każda chwila jego życia była realizacją wspaniałego hymnu św. Pawła o miłości" - napisała o Janie Calabrii w liście do papieża Pawła VI pewna Żydówka, lekarka, którą święty ukrył w przebraniu siostry zakonnej w jednym z domów zgromadzenia, by ratować ją przed prześladowaniami ze strony Niemców hitlerowskich.
W swej pracy wychowawczej Jan kierował się wspaniałym przykładem św. Jana Bosko, wielkiego wychowawcy i opiekuna młodzieży. Od niego uczył się pokornej służby ubogim dzieciom.
Zmarł 4 grudnia 1954 roku. Przed śmiercią ofiarował swe życie Bogu za papieża Piusa XII, który wiele wycierpiał z powodu nieprawdziwych oskarżeń. W dniu 17 kwietnia 1988 r. św. Jan Paweł II beatyfikował Jana Calabrię w Weronie. On też włączył ks. Jana do grona świętych w dniu 18 kwietnia 1999 roku.